Die Stadt wurde um 1750 als Mission der Jesuiten gegründet. Ursprünglich war sie eine Verteidigungsbastion gegen Indios, die sich der Bekehrung widersetzten. Die kleine Siedlung mit 1500 Einwohnern entwickelte sich ab dem Ausbruch des Kautschukbooms, der zwischen 1870 und 1880 einsetzte, wirtschaftlich enorm weiter. In den folgenden 30 Jahren galt Iquitos als das Zentrum der Kautschukgewinnung und des -handels. Während die Indios gezwungen wurden, auf den Plantagen zu arbeiten und dabei wie Sklaven behandelt wurden, erwirtschafteten die “Kautschukbarone” in dieser Zeit erheblichen Gewinn und entsprechendes Vermögen. Dieser Boom endete abrupt, als es dem Briten Henry Wickham gelang, Samen der Kautschukpflanze aus Brasilien nach Asien zu schmuggeln. In Malaysia wurden daraufhin Plantagen errichtet, deren Kautschuk wesentlich billiger und leichter zu ernten war. Daraufhin war Iquitos jahrzehntelang wirtschaftlich nahezu bankrott. Versuche, neue Geschäftsmöglichkeiten zu ergründen wie durch den Anbau von Tabak und Bananen, scheiterten, wie auch die Ideen, den Barbasco (eine giftige, flüssige Zusammensetzung, das die Indios zum Fischfang verwendeten) als Insektizid einzusetzen oder exotische Tiere an Zoos in aller Welt zu verkaufen.
Die Entdeckung von Erdöl und dessen Förderung sowie die Holzwirtschaft ließen Iquitos seit Anfang der 1960er Jahre zu einer modernen Stadt werden. Seit den 1980er Jahren entwickelt sich auch der Tourismus zu einem wichtigen Wirtschaftsfaktor. Zu besichtigen sind die restaurierten Häuser aus der Blütezeit mit ihren Jugendstilfassaden. Darüber hinaus ist Iquitos ein Ausgangspunkt für Touren in den Regenwald. Da die gesamte Umgebung von Iquitos heute erschlossen ist, ist “echter” Dschungel im Umkreis von fast 100 Kilometern nicht mehr zu erleben. Dagegen ist das Naturschutzgebiet Pacaya-Samiria ein beliebtes Ziel des Ökotourismus.
Auf der Plaza de Armas steht die imposante Kirche von Iquitos. Das katholische Gotteshaus ist zugleich auch das höchste Gebäude der Stadt. An der östlichen Ecke der Plaza de Armas wurde die Casa de Fierro, das Eisenhaus, errichtet, ein nur aus Metall gebautes Gebäude, das der französische Architekt Gustave Eiffel entworfen hat. Der Stadtteil Belén (dt.: Bethlehem) am Amazonasufer ist zum Teil auf Stelzen gebaut. Hier wohnen die verarmten Indios der Stadt.
Die Küche von Iquitos ist durch die besondere Lage der Stadt am Amazonas bzw. im Amazonasbecken geprägt und bietet daher, neben den üblichen peruanischen Gerichten und einer großen Vielfalt tropischer Früchte, einige besondere Speisen: Fischgerichte, Paiche (Arapaima) oder den Piranha gibt es in vielen Variationen. Kochbananen und Yuca (Maniok) werden als Beilage angeboten, aber auch als ein Tacachos genanntes Zwischendurchgericht. Man bekommt auch – meist gegrillt – Alligatoren, Suri-Maden (Larve einer Art der Rüsselkäfer) vom Holzspieß und verschiedene Insekten, vorzugsweise Ameisen. Bei Einheimischen beliebt sind Schildkröten und Schildkröteneier.
