Bis ins Hochmittelalter wurden für die Region meist die weltlichen Namen verwendet, je nach aktueller administrativer Gliederung etwa Judaea, Palaestina, Syria Palaestina oder auch schlicht Syria. Die Verbreitung des Ausdrucks “Heiliges Land” geht zurück auf das 4. Jahrhundert, als mit dem Ende der Verfolgungszeit und der Auffindung des “wahren Kreuzes Christi” in Jerusalem durch Kaiserin Helena das Interesse der Christen an den Schauplätzen der Bibel, vor allem an Jerusalem, erwachte. Das “Heilige Land” war nunmehr das Ziel von privaten Pilgerreisen: Die früheste dokumentierte Reise eines (anonymen) christlichen Pilgers aus Bordeaux in das “Heilige Land” fand im Jahre 333 statt. Sie führte von Bordeaux nach Jerusalem und ist in einem auf Latein verfassten Itinerarium (Reisehandbuch) mit Angabe der Wegstationen festgehalten. Viele Geschehnisse aus dem Alten Testament und dem Leben Jesu wurden seither lokalisiert, Gedenkstätten und Kirchen erbaut. Die Wallfahrt ins “Heilige Land” galt fortan als bedeutsam für das Seelenheil.
Nach kurzer persischer Herrschaft zu Beginn des 7. Jahrhunderts folgte die Islamische Eroberung der Levante, sodass nun auch der Islam hier Fuß fasste. Bezeichnungen für die Region Palästina in den ältesten Schriften des Islam werden meist mit “gesegnetem Land” übertragen, in späteren Jahrhunderten kam aber unter anderem die Bezeichnung “Heilige Länder” auf, da zahlreiche wichtige islamische Heiligtümer erbaut wurden.
Die im Laufe der Jahrhunderte wechselnden islamischen Machthaber behinderten zunehmend die christlichen Pilgerrouten, während die Zahl der Pilger weiter anstieg. Kalif Al-Hakim zerstörte 1009 die Grabeskirche in Jerusalem, eines der größten Heiligtümer des Christentums. Dies wurde 1095 als Anlass für den Ersten Kreuzzug genommen, als dessen Hauptziel die Eroberung und Sicherung der Pilgerstätten und -wege vorgegeben wurde, um die Christenheit vor Sarazenen und Seldschuken “zu verteidigen”. Somit stilisierte die Kirche ab dem 11. Jahrhundert das “Heilige Land” als politischen Kampfbegriff zu einem Ort, den es für die eigene Religion “zurückzuerobern” galt. Mit dem Ende des 13. Jahrhunderts hörten die Kreuzfahrerstaaten auf zu bestehen.
Christliche Pilgerfahrten insbesondere in die “Heilige Stadt” Jerusalem wurden ausnehmend teuer (alternative Wallfahrtsorte gewannen darum an Bedeutung), sie blieben aber weiterhin möglich und gelten für fromme Christen als besonders erstrebenswert. Das “Heilige Land” hat sich in der christlichen Tradition weiter gehalten und wurde schließlich wieder als unpolitische Bezeichnung für die Schauplätze des Alten und Neuen Testaments verstanden. Nur in wenigen fundamentalistischen und/oder schwärmerischen Kreisen wird dem “Heiligen Land” noch eine politische Rolle für die Christenheit zugedacht.
Auch weiterhin steht die Region im Mittelpunkt von religiösen Konflikten zwischen Vertretern von abrahamitischen Religionen, derzeit im Nahostkonflikt.