Die Stadt befand sich auf der Persischen Königsstraße, die die elamische Hauptstadt Susa mit dem achämenidischen Persepolis verband. Alexander der Große überquerte den Karun-Fluss 331 v. Chr. an dieser Stelle. In der Spätantike bildete die Stadt ein wichtiges Zentrum des Christentums. Während der Regentschaft der Sassaniden war Schuschtar eine Inselstadt am Karun. Dieser wurde in Kanälen um die Stadt herumgeführt. Brücken und Stadttore im Osten, Westen und Süden der Stadt machten sie zugänglich. Ein unterirdisches Kanalsystem von Qanaten versorgte die Stadt mit Wasser für den privaten Gebrauch und für die Bewässerung der Zuckerrohr-Felder, für die die Stadt bis heute berühmt ist und die bereits 226 n. Chr. bebaut wurden. Schon zu achämenidischer Zeit war hier mit dem Bau künstlicher Wasserfälle an einem Zufluss des Karun, dem Gargar-Fluss, begonnen worden, was unter den Sassaniden fortgeführt wurde und für die Zeit ungewöhnliche Bautechniken beanspruchte. Auch heute dienen einige von ihnen noch Bewässerungszwecken.
Nach der Niederlage Kaiser Valerians im Jahr 260 n. Chr. wurden der persischen Überlieferung zufolge zahlreiche römische Soldaten zum Auf- und Ausbau des Bewässerungssystems von Schuschtar herangezogen. Der so entstandene Band-e Kaisar (Caesars Damm), eine originelle Verbindung aus Bogenbrücke und Stauwehr, hatte eine Länge von 500 m und gilt als die östlichste Römerbrücke und römische Staumauer. Die Mehrzweckanlage übte einen tiefen Einfluss auf den iranischen Ingenieurbau aus und trug maßgeblich zur Entwicklung der sassanidischen Wasserbaukunst bei.
Während des Kalifats von ʿUmar ibn al-Chattāb wurde Schuschtar von den Muslimen erobert. Das Grab ihres Anführers al-Barā’ ibn Mālik, der bei der Eroberung der Stadt umkam, wurde noch lange in Schuschtar gezeigt. Weitere Wassermühlen entstanden während der Regierungszeit der Safawiden, von denen heute noch einige erhalten sind. Im 19. Jahrhundert zerfiel das Bewässerungssystem allmählich, so dass die Stadt ihren Status als landwirtschaftliches Zentrum einbüßte. Während der Regentschaft Mohammad Reza Pahlavis wurden Anstrengungen unternommen, die Landwirtschaft des Gebietes wieder anzukurbeln. In diesem Zusammenhang errichtete die Karun Agro-Industries Corporation eine Satellitenstadt, Shustar New Town (Neu-Schuschtar), um Unterbringungsmöglichkeiten für die Angestellten der hier entstandenen Zuckerrohrfabrik zu schaffen und der Stadt weitere Wachstumsmöglichkeiten zu eröffnen. Heute ist der Ort ebenfalls für seine Möglichkeiten im Bereich des Wassersports bekannt.
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