Das Nilow-Kloster ist ein russisches-orthodoxes Kloster auf der Insel Stolobny im Seligersee in den Waldaihöhen 300 km nordwestlich von Moskau. Der Heilige Nilus vom Seligersee (auch Nil von Stolobny) wurde Ende des 15. Jahrhunderts als Sohn einer Bauernfamilie in der Nähe von Weliki Nowgorod geboren. Im Krypezki-Kloster bei Pskow aufgewachsen, lebte er als Einsiedler in den Waldaihöhen am Fluss Seremlja und in einer Höhle auf der Insel Stolobny. Er nahm den Namen “Nilus” zu Ehren des Heiligen Nilus des Älteren an, der um 400 n. Chr. in Ägypten wirkte. Insgesamt verbrachte Nilus 27 Jahre auf der Insel Stolobny. Er bestimmte vor seinem Tode, dass an dieser Stelle ein Kloster errichtet werden solle. Er starb am 7. Dezember 1554.
1555 wurde das Kloster gegründet. Der größte Teil der Gebäude des Klosters wurde im 18. und 19. Jahrhundert im klassizistischen Stil errichtet. Der Bau eines Dammes zur Insel wurde 1812 abgeschlossen. Das Nilow-Kloster war eines der größten und wohlhabendsten Klöster im Russischen Reich. Anfang des 20. Jahrhunderts war es das nach Anzahl der Pilger meistbesuchte russischen Heiligtum und das Zweite weltweit nach der Grabeskirche. Das Kloster hatte bis zu 1000 ständige Bewohner. Auf dem Grundstück des Klosters gab es sogar ein Krankenhaus.
1919, nach der Oktoberrevolution wurde das Kloster enteignet. Es wurde 1927 von der sowjetischen Regierung geschlossen und in der Folge für verschiedene Zwecke genutzt. Von 1927 bis 1939 war es ein Arbeitslager für minderjährige Verbrecher. In der Zeit von 1939 bis 1941 war das Kloster ein Kriegsgefangenenlager des sowjetischen NKWD. Die etwa 7000 überwiegend polnischen Insassen waren durch den Molotow-Ribbentrop-Pakt in sowjetische Gefangenschaft geraten. Fast alle Gefangenen wurden 1940 in Twer ermordet und in Mednoje beerdigt, eine Tat, die als das Massaker von Katyn bekannt wurde. Unter den Getöteten waren polnische Offiziere, Rechtsanwälte, Polizisten, Lehrer, Doktoren und andere Mitglieder der Intelligenzija. Von 1941 bis 1945 befand sich in dem Gebäudekomplex ein Lazarett, und von 1945 bis 1960 wieder ein Lager für Minderjährige und Waisenkinder. 1960 bis 1971 war das Kloster ein Altenheim und von 1971 bis 1990 eine Herberge für Touristen.
1990 wurde der Gebäudekomplex an die Russisch-Orthodoxe Kirche übergeben. Seit 1995 befindet sich hier wieder ein funktionierendes Kloster. 2009 sind umfangreiche Restaurierungsarbeiten begonnen worden.
