Folegandros liegt in der südlichen Ägäis 40 km nordwestlich von Santorin, 27 km östlich von Milos und 56 km südwestlich von Naxos. Die Entfernung zur nächstgelegen Insel Sikinos beträgt 10 km. Dazwischen, in der Folegandros Sikinos Meerenge liegen die unbewohnten Inseln Tria Adelfia, Kardiotissa, Karavas und Kalogeros. Bei einer Fläche von 32 km² beträgt die Länge etwa 12,5 km und die Breite weniger als 4 km. Zwischen der Bucht von Angali im Südwesten und der Bucht von Vorina im Nordosten liegt mit etwa 1100 m die engste Stelle der Insel. Dadurch wird die längliche Insel in einen westlichen und einen größeren östlichen Teil gegliedert. Steilküsten prägen den gebirgigen östlichen Teil, die höchste Erhebung der Insel Agios Eleftherios erreicht 416 m. Der Westteil ist hügelig, zum Teil verfallene Terrassenkulturen gehören zum Landschaftsbild. Die höchste Erhebung Merovigli erreicht 312 m.
Chora, der Hauptort der Insel und Sitz der Kommunalverwaltung, liegt etwa 3,5 km nordwestlich des Hafenorts Karavostasis am Rand eines nach Nordwesten ausgerichteten etwa 200 m tiefen Abgrunds über dem Meer. Marco Sanudo ließ Chora 1212 als Wehrdorf errichten, um die Bewohner vor Piratenüberfällen zu schützen. Da die äußersten Häuser aneinander gebaut wurden und keine nach außen liegenden Fenster hatten bildeten sie die Wehrmauer. Der Ort war nur über zwei Tore zugänglich. Erst Ende des 18. Jahrhunderts mit dem Ende der Piratenüberfälle siedelten sich außerhalb Menschen an. Ano Meria, der zweitgrößte Ort auf Folegandros, liegt 6 km entfernt von Chora im westlichen Teil der Insel. In Ano Meria gibt es kein Dorfzentrum, die Häuser liegen zerstreut über mehr als 2 km auf einem Bergrücken. Das Leben der Bewohner und die Bauweise der kleinen Häuser war bis vor wenigen Jahren weitgehend auf die Selbstversorgung mit landwirtschaftlichen Erzeugnissen und Tierhaltung ausgerichtet. Diese autonomen Wohneinheiten werden als Themonia bezeichnet. Der Hafenort Karavostasis liegt im Osten der Insel, südlich schließen sich einige Badestrände an. Die kleine unbewohnte Insel Agios Georgios liegt etwa 1,1 km südöstlich.
Auf der kargen und wasserarmen Insel prägen Terrassen vor allem im hügeligen Ostteil das Landschaftsbild. Die Landwirtschaft ist ein Haupterwerbszweig und wird heute überwiegend zur Selbstversorgung betrieben. Angebaut werden Getreide, Hülsenfrüchte, Zwiebel und Gemüse, etwas Wein sowie Oliven- und Feigenbäume. Zunehmend verfallen die mit Trockensteinmauern angelegten Terrassen. In Weidewirtschaft gehaltene Ziegen liefern Fleisch und Milch für die Käseproduktion. Etwas Fischfang und Imkerei dient der Einkommensaufbesserung.
Seit Beginn der 1980er Jahre gewinnen die Einkünfte aus dem Tourismus, der sich auf Folegandros aber tatsächlich nur auf wenige Individualreisende beschränkt, größere Bedeutung. Folegandros ist nur mit dem Schiff erreichbar, aber auch dabei kann es wegen des relativ ungeschützten Hafens zu Verzögerungen (teilweise von mehreren Tagen) kommen. Es bestehen Fährverbindungen nach Milos und Piräus sowie über Sikinos nach Ios.
